日本が現在南極海で調査捕鯨の主な対象としているのはクロミンククジラ（Southern Minke whale、あるいはAntarctic Minke whale）という、体長が7-8メートル程度の小さな種類である。 単に「ミンククジラ」ということもあるが、記憶では21世紀の初めごろに種の分類が見直され、学術用語としては南極海のものは「クロミンククジラ」となった。 日本の北太平洋の調査捕鯨で捕っているのは別種の「北太平洋ミンククジラ」、商業捕鯨を復活させたノルウェーの捕獲対象は別種の「北太西洋ミンククジラ」という。 以前はこれら3種は、種としては同一の「ミンククジラ」で別の系統群として区別されていた。

「ヒゲクジラ類の中では最小」と紹介される場合も多いが、ヒゲクジラ類の中で最小なのは南半球のみに生息するコセミクジラというセミクジラの亜種で、こちらは体長5-6メートル。 「ミンク」の名称は、この小さなクジラばかり捕っていたノルウェーのマインケ（Minke）という新米砲手に由来するといわれ、英語での発音は「ミンキー」である。 沿岸での小型捕鯨では以前から捕られていたが、南極海での本格的な捕獲は1970年代初めからである。 大型鯨類が次々と禁猟になる中、南極海で日本が商業捕鯨の最後の年まで捕獲していたヒゲクジラであり、他の大型鯨類と違って悪名高いBWU（Blue Whale Unit - シロナガス換算制）という捕獲枠設定方式の洗礼をほとんど受けなかった。 また他の大型ヒゲクジラ類の雌が2-3年に一回出産するのに対し、ほとんど毎年出産する。

2014年4月現在、 IWCのホームページにおける推定資源量 は以下のとおりである。

「95%信頼区間」というのは、資源量がこの範囲にあるのは95%確かであるという、推定結果の信頼性の目安である。

1970年代後半、日本の大隅博士はクロミンククジラは捕獲の対象となる成体だけでも40万頭はいると推定していたが、反捕鯨派科学者のリーダー的存在であるシドニー・ホルト博士（Sidney J. Holt）による推定量はたった2万頭というものであり、実際に大規模な調査を行って検証する必要があった。 そこで、IWCが1974から始めていたIDCR（International Decade of Cetacean Research、国際鯨類調査10年計画）の一部として南極海のクロミンククジラの資源量の調査が開始した。

この調査によってクロミンククジラの数が極めて豊富な事が判明し、商業捕鯨モラトリアムが採択された1982年にもIWCの科学委員会はクロミンククジラは捕獲を続けてもなんら問題ない豊富な種であるとして、資源状態に関わらずにすべての対象鯨種の捕獲を禁ずる包括的モラトリアムの必要性はないと結論していた。 当時の推定資源量は30万頭程度であるから、シドニー・ホルトの推定量がいかに荒唐無稽なものだったかがわかる。

なお、これ以上調査でクロミンククジラの豊富な資源量が裏付けられては困るのか、1984年のIWC科学委員会の会合では反捕鯨派科学者グループが調査を継続すべきでないと言い出したが、日本側の強い主張で結局継続となった。 以後調査は毎年続いてきており、95/96年の航海では調査期間の最初の1ヶ月ほどが日本が独自に企画したシロナガスクジラ調査、残り2ヶ月程度がIDCRのクロミンククジラ調査という2本立てになり、翌年からはこの2段構成の調査航海がIWCの新調査プログラムSOWER（Southern Ocean Whale and Ecosystem Research）の名のもとに行われ、2009/10の調査航海をもって終了した。 SOWER終了の後はIWC-POWER（Pacific Ocean Whale and Ecosystem Research）という太平洋での調査が2010年からIWCと日本の共同調査として開始されている。

IWCの科学委員会の1971年におけるクロミンククジラ推定資源量は15万頭から20万頭であり、その後の研究でも本格的捕獲開始前の資源量はこのレベルらしいから、シロナガスなどの大型種が減った事によって豊富なエサを得たクロミンククジラがその短い妊娠周期も手伝って飛躍的に増加したという仮説がある。 実際、1940年代以降、クロミンククジラの成長曲線の変化は体長が大型化している事を示していて餌の摂取状態が良くなったことがうかがえ、また、性成熟年齢が下がったこともこれと整合している。 これは、第二次大戦後の日本人の食料事情の改善とそれに伴う体格の変化と類似している、と言えばわかりやすいであろうか。

このように豊富なクロミンククジラだが1983年にボツワナで開催されたワシントン条約（CITES）会議では絶滅の恐れがある種を記載する付属書 I に掲載された。 提案国はセイシェルだが、上述のシドニー・ホルトはこの時期セイシェル代表団員としてIWCに参加しているから、この提案も彼が関与したものであると言われている。 IWCと違って参加国が必ずしも鯨の資源状態に明るくなく、「事実」よりはロビー活動がものを言うCITESの場だからこそ、このような分類が可能になったともいえる。

さて、IWCの調査航海といっても各国からの参加科学者以外の要素、すなわち、資金、船舶、乗組員などは、ほとんど日本が提供してきた。 「公海の鯨は全人類の財産」などと言いながらIWCが行う大規模な調査に殆んど金を出さず、調査結果にケチをつける口は出す、という反捕鯨国の姿勢はこういうところにも現れている。 調査は鯨の数を数える目視調査が主だが、草原にいるキリンの数を数えるようなわけにはいかない。 南極海のクロミンククジラの場合は平均して１時間に36-37回（一回当たり3-6秒）浮上し、遊泳速度は平均3-5ノットである（調査船のスピードは11.5ノット）。 海面に数秒間見える噴気や体の一部をもとに、近距離から1-2キロ先までの鯨種を判断し群れの大きさを判定していくのには視力だけでなくかなりの熟練を要する。 天候に恵まれずに波が高かったり調査員が交代して目視の習熟度が下がるなど、調査時の条件によって鯨の発見数が減って推定資源量が減る可能性もある。 調査方法の細部は専門家の説明に詳しい。

クロミンククジラ資源に関する南極海の管理区域

第１、２ラウンドでは、I区からVI区まで6つに区分けされた南極海の各海域を毎年1つずつ調査していたので、6年で1ラウンドを終了できた。 ただし、緯度的には北端の南緯60度まではカバーされていなかった。 第３ラウンドでは、緯度では南端の氷縁から南緯60度までカバーする方針に変わり、その分、経度では調査海域全体を１回でカバーできなくなった。

第１ラウンドではシャープペンシル大の標識銛を鯨に打ち込み、商業捕鯨で捕獲された鯨から発見される標識の割合から資源量を推定するという標識調査も行われていた。 目視調査はライントランセクト法という方法で行われるが、今現在採用されているジグザグのトラックライン（調査コース）が使われだしたのは第１ラウンド最終の第6回からで、それまでは「コ」の字型を互い違いにつなげたような格子状のトラックラインが使われていた。

また、接近法と通過法⁽¹⁾を交互に行うという、現在採用されている目視調査方式は第２ラウンドから始められた。 このように、推定精度を向上させるために調査方法や解析手法は細部にわたって年々改良されてきている。 また、このIDCR航海で鯨の目視調査方法の研究が進んだ事は北大西洋など他の海域での目視調査にも寄与している。 なお、日本の調査捕鯨でも捕獲調査の他にこのIDCR方式の目視調査も行なっている。

IWCの科学委員会はクロミンククジラ資源の包括的評価を1990年に行ったが、この段階では調査は第２ラウンドの大半が終わっており、この時点の合計として上記の76万頭という数字が出てきている。 なお、調査海域に南緯60度以北の海は含まれていなく、また調査船が入れないパック・アイス⁽²⁾が密集した海域の鯨は目視のしようがないため、南極海全体での実際の数はこの推定値よりも多いと考えられる。

なお、2001年のIWC科学委員会で討議したクロミンククジラ資源量の評価の議論を、 科学委員会の報告書から抜粋 しておく。 第３ラウンド以降の調査はまだ途中だが、調査が終わった海域を従来の手法で解析した資源量は過去の数字と比べて低く見えるため、さっそく反捕鯨団体がこれに飛びついてクロミンククジラの資源量が前回の評価よりも「減ったことが合意された」などと宣伝したり、極端な例では、委員会報告書でわざわざ「不完全」と注記している268,000という数字（これは97/98年までの調査のうちで既に評価が終わった全海域の68％をもとした数字で、しかも過去の調査で資源量が大きかったIV区とV区が抜けているのである）をそのまま示している例すらあった。

2001年の科学委員会の報告書では、第３ラウンドの調査データの解析について次のような点が指摘されていた。

• 過去に比べて調査航路が概して天候も悪く、群れを作らずに単独で行動する鯨が多い北側に拡張しているため、目視条件が悪化している。
• おそらく上記の理由のためと推定されるが、過去のラウンドに比べて、目視で「クロミンククジラ」とは断定しきれず「クロミンクらしい」と判断されたデータが過去より大幅に増えて30％以上になっており、これらのデータは解析で除外されている。
• 最初の２ラウンドではほとんどの調査員が経験10年以上であったが、第３ラウンド２回目の92/93年からは、世代交代によって経験が5年以下の初心者が半分程度にまで増えて、目視量が落ちている可能性がある。
• 過去のデータから、クロミンククジラの南極海における密度がピークになるのはだいたい１月中旬から下旬で２月に入ると急速に減るが、第３ラウンドでは調査期間が過去より後期にシフトしており、時期的にピークをはずれている可能性がある（この調査時期の遅れは、氷縁の変化をにらんで調査航路を決める際の便宜のためらしい）。
• 捕獲データから求められた自然死亡率や妊娠率などの資源動態上のデータの解析は、資源の減少を示唆していない。
• IDCRよりも調査日数が長くて時期もほぼ一定している、調査捕鯨の目視調査の解析では資源の低下傾向は見られない（ただし調査捕鯨が行われているIV区とV区に限られる）。

• 第２ラウンドの頃と比べて、調査船が入れない南極大陸近くのパック・アイスの下で過ごす鯨が増えた。
• 年ごとに鯨の群れの位置の東西方向の移動が大きく、第２ラウンドでは第３ラウンドよりも偶然に鯨の密度の高い領域で調査されていた。
• 第３ラウンドでは、鯨の群れのより多くの部分は、調査海域北限の南緯60度より北にいた。
• 調査コースの時間的・空間的デザインが、鯨の群れの位置の年ごとの変動に対処できていなかった。
• 実際に数が減少した。

（2014年4月5日 更新）

(1) 接近法（CM : Closing Mode）とは、トラックライン上の調査船が鯨の群れを発見した際に、群れに近づいて鯨種や頭数などを判定する方式。 通過法（PM : Passing Mode）とは、鯨の群れを見つけても、そのままトラックライン上で航行しながら鯨種や群れの頭数を判定する方式。 接近法は群れの情報が正確な反面、トラックラインから離れて確認作業をしている間は別の群れを目視できないために、資源量が通過法より25%ほど過小に推定され、一方の通過法では群れのサイズが30%ほど過小に推定される。 このため、トラックライン上で両方の方式を交互に用いて調査がなされる。

(2) パック・アイス (pack ice) とは、沿岸部の海水が凍結した「定着氷」が割れて漂っているもの。 訳語としては「浮氷」と「流氷」があるが、この2つの厳密な区別は素人には不明である。 南極大陸を覆う「氷床」が流動し、やがて陸地をはみ出して海まで覆う「棚氷」になり、それが割れて漂う「テーブル型氷山」とは違い、厚さは2-4メートル程度と薄い。

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